黨政辦公室
紀委(監察專員辦)綜合室、紀檢監察室
組織部
黨校
宣傳部
統戰部
教師工作部(人事處、高層次人才工作辦公室)
學生工作部、學生創新創業中心（合署）
武裝部
離退休工作辦公室(離退休黨委)
機關黨委
發展規劃處
教務處
研究生院
科技處
社會科學處
社會服務處
對外合作與交流處
審計處
計劃財務處
國資處(采購與招標辦公室)
后勤管理處
基建處
校園管理辦公室
工會
團委
圖書館
現代教育技術與信息管理中心
體育教學部
考試中心
科教基地管理中心
南平西芹科教與藝術基地
資產經營管理有限責任公司
分析測試中心
校醫院
校友會基金會
農學院
植物保護學院
園藝學院
林學院（碳中和學院）
生命科學學院
國際菌草學院
動物科學學院
蜂學與生物醫藥學院
海洋學院
資源與環境學院
食品科學學院
材料工程學院
計算機與信息學院
機電工程學院
交通與土木工程學院
風景園林與藝術學院
馬克思主義學院
經濟與管理學院
公共管理與法學院
鄉村振興學院（繼續教育學院）
戴爾豪西大學聯合學院(國際學院)
海峽聯合研究院（未來技術學院）
安溪校區安溪茶學院(數字經濟學院)
農林生物安全全國重點實驗室
國家甘蔗工程技術研究中心
國家菌草工程技術研究中心
農業生態研究所
應用生態研究所
海洋研究院
國家林業局南方集體林權制度改革研究基地
海洋生物科技創新公共服務平臺
環境生物電化學中心
區域特色發展智庫
農林人工智能研究院
MBA教育中心
MPA教育中心
MPAcc教育中心
金山學院
